Klasztor pocysterski w Pełczycach został wybudowany w 1290 roku. Pierwsze cysterki trafiły do Pełczyc w 1282 roku, prawdopodobnie za sprawą księżnej Matyldy, wdowy po księciu szczecińskim. Tuż po wybudowaniu klasztoru i kościoła został wydany dokument nakazujący odwiedzanie świątyni i zachęcający do przekazywania nadań i darowizn na kościół. Odwiedziny klasztoru lub darowizna była wynagradzana 40-dniowym odpustem.
Pełczycki klasztor był niezwykle hojnie obdarowywany, m.in otrzymał od margrabiegoAlbrechta III zamek rodu Behrów nad jeziorem Panieńskim, wraz z jeziorem oraz ludnością zamieszkującą podgrodzie Pełczyc, do tego przekazał kościół klasztorny wraz ze wszystkimi jego dochodami, biskup kamieński przekazał patronat nad kościołem miejskim w Pełczycach. Cysterki otrzymały wiele pobliskich łąk i pól uprawnych, a także kilka wsi. Nadania dla klasztoru pochodziły od margrabiów brandenburskich, książąt szczecińskich, urzędników książęcych oraz rycerstwa. Mimo tego, że cysterki zgromadziły spory majątek w XIV wieku w klasztorze nastąpił kryzys. Wówczas dla ratowania konwentu biskup kamieński zarządził specjalną składkę w parafiach swojej diecezji. Pomogły okoliczne rody, które przekazywały wiana córek idących do klasztoru oraz książęta pomorscy dokonując kolejnych nadań. Liczne nadania, jakie w ciągu swoich dziejów otrzymał pełczycki klasztor, na początku XVI wieku obejmowały około 10 wsi, 8 jezior, 5 młynów oraz łąki, lasy i sporo ziemi uprawnej. Zakonnice prowadziły gospodarstwo, zajmowały się haftem, przepisywaniem ksiąg, na początku XIV założyły przy klasztorze szpital-przytułek. Szpital utrzymywany był z pieniędzy pensjonariuszek - samotnych kobiet oraz z dochodów kościoła w Płonnie.
Wprowadzenie reformacji przyczyniło się do zlikwidowania konwentu, co miało miejsce w 1539 r. Klasztorny majątek został przekazany rodowi Waldowów, a obiekty przebudowano na rezydencję margrabiów.
Do czasów obecnych zachował się budynek zachodniego skrzydła klasztoru, reszta budynku została w nieznanych okolicznościach rozebrana pod koniec XIX wieku. Obecnie budynek stanowi własność prywatną i jest dostępny tylko z zewnątrz.